Yksisolusekvenointi ja spatiaalinen transkriptomiikka on vielä tutkimusvaiheen tekniikoita. Näistä ei ole vielä kliiniseen käyttöön diagnostisina menetelminä, ehkä tulevaisuudessa. Sen sijaan uskoisin, että nuo Faronin kehittämät kumppanidiagnostiikkatestit tulevat olemaan kasvainnäytteistä tehtäviä joko värjäyksiä tai qPCR testejä. Nämä ovat riittävän rutiininomaisia tekniikoita, jotta niillä voidaan tehdä diagnostisia testejä helposti. Näiden testien validoimisen menee tosin usen aika paljon aikaa, joten ihan lyhyellä varoitusajalla niitä voi olla hankala lisätä kokeisiin.
Faronin tiedetään käytävän Aiforian työkaluja, joten tuo on oma veikkaukseni PD-L1/Clever-1 värjäyksiin. Tämä PD-L1/Clever-1 suhde voisi toimia vastetta ennustavana markkerina kiinteissä syövissä, mutta tuonkin testaamista varmaan jatketaan vielä Matinsin tulevissa kokeissa. mRNA tasolla geeniekspressiota voi mitata helpoiten RT-qPCR:llä ja proteiinitasojen mittaamiseen pienistäkin koenäytteistä sopii esimerkiksi PLA yhdistettynä sekvenointiin*, eli PEA, jota muun muassa Olink tarjoaa. Sattumoisin Olinkilla onkin tarjolla myös inflamatoristen sytokiinien mittaamiseen suunniteltu kohdeproteiini setti, joka voisi sopia tähän sovellukseen kuin nyrkki silmään…
* edit: Tuo PEA menetelmä käyttääkin sekvenointia noiden proteiinien barcoden tunnistamiseen, ei qPCR:ää mittaamiseen. Muistin tämän väärin. Onneksi tuolta sivuilta löytyy how to video. Niitä voisi aina välillä katso ennekuin kirjoittaa viestejä. 