Wuhan Coronavirus (Osa 1)

Kun tätä kulmakerrointa katsoo niin itselleni ainakin tulee väkisin mieleen, että ollaanko vielä lähelläkään huippuja? Täytyy myös muistaa, että nämä luvut sisältävät vain VAHVISTETUT tapaukset. Jos muistellaan case Kiina, jossa määrä nousi yhtenä päivänä hulppeasti vain laskentatapaa muuttamalla. Tälläkin hetkellä esimerkiksi Iranissa vahvistetut luvut ovat siellä 1500 pinnassa kun tiettyjen lähteiden mukaan tapauksia voisi maassa olla peräti yli 50 000. Kaikilla mailla ei yksinkertaisesti edes ole resursseja testata ihmisiä tarpeeksi päivässä.

Lähinnä siis mitä ajan takaa: Todellisten tapausten määrä on todennäköisesti moninkertainen suhteessa vahvistettuihin lukuihin ja näin ollen myös leviämisvaara on moninkertainen suhteessa nykytietoon.

Iran on nimenomaan se maa tällä hetkellä jota seuraisin tarkimmin. Tilanne siellä on todennäköisesti katastrofaalinen verrattuna viralliseen tietoon. Sieltä sen on myös mahdollista levitä todella helposti muihin sellaisiin maihin, jossa ei joko ole kykyä tai kiinnostusta hallita taudin leviämistä.

2 tykkäystä

Korean tapausten kasvu ehkä taittumassa? Vähemmän lisää kuin eilen.

2 tykkäystä

Unkarissa ei yhtään? Orban tuskin haluaa tuoda yleiseen tietoon tartunnan saaneita. Turismi Unkarille merkittävä tekijä.

3 tykkäystä

Tähän voitanee lisätä Intia, jossa virallisen tiedon mukaan 5 tartuntaa. En usko hetkeekään.

4 tykkäystä

50000 lähempänä. Tai 500.000. Kuolleitakin on varmasti jo satoja.

Eihän ne nouse, kun

a. kansalla ei ole terveydenhuoltoa
b. ei testata

Maassa on muutenkin ongelmia hallitusvallalla. Tämä päälle, ja tästä maasta se saadaankin maailmanlaajuinen soppa.

2 tykkäystä

Terveisiä Indonesiasta. Täällä ei ollut pitkään aikaan yhtään tartuntaa, nyt näemmä kaksi. Siis ei ollut siitä huolimatta, että Balilla on ihan hirveä määrä kiinalaisturisteja ja Indonesian kansalaisia evakuoitiin Wuhanista aiemmin. Kun ketään ei testata, niin ei myöskään mitään löydetä. Business as usual.

Täällä päin maailmaa ei myöskään tehdä kuolinsyytutkimuksia lainkaan, vaan perinteen mukaan vainajat haudataan seuraavana päivänä. Pohjoismaissa tottuu vähän liian hyvään (dataan).

15 tykkäystä

Tämä on mielestäni tällä hetkellä se koko viruksen vaarallisin asia. Jos kaikissa maissa tehokkuus olisi luokkaa Etelä-Korea: 10 000 testiä päivässä ja lukemat todennäköisesti vastaavat hyvin todellisuutta niin koko taudista saataisiin kokonaisvaltainen kuva, apua osattaisiin lähettää sinne missä sitä tarvitaan jne.

Nyt tuntuu, että halutaan vähätellä koko tautia ja ei testata ihmisiä ja vaikka testattaisiin niin ei ainakaan julkaista todellisia lukuja. Meillä Suomessa hätä ei ole kovin suuri kun täällä tauti nyt otetaan edes jossain määrin vakavasti, mutta Lähi-Itä, Aasia, Afrikka jne. asia on aivan toinen.

1 tykkäys

Etelä-koreassa on drive-through testit koronan varalta. Kun Usassa ei testata ollenkaan, niin koreassa hieman toinen mentaliteetti. Ehkä se Pence rukoilee coronan pois niin kuin hän yritti rukoilla HIV:n indianasta.

4 tykkäystä

Hussmanin pohdintoja taudin leviämisestä

As of March 1, 2020, the growth rate of COVID-19 cases in countries other than China is running at 25% daily. The expansion in the number of locations is also problematic, because the first person in each new location is local “patient zero.” Unless serious containment efforts reduce this growth rate substantially, a continuation would produce a 1000-fold increase in cases over the coming month.

Even that might not seem so bad, until the end of April, when the same rate of growth would push the number of COVID-19 cases beyond the 45 million U.S. flu cases observed in 2017-2018. That is exactly how this little coronavirus with twice the R0 of the seasonal flu, and a mortality rate that is evidently an order of magnitude higher, will produce utter chaos if containment efforts are not taken seriously.

nCov-19 5-day average growth 3/1/20

The next chart shows the total number of cases in China and elsewhere, on log scale (each vertical segment represents a doubling of cases) but with cases abroad starting from a significantly smaller base. Notice that total cases in China appear to be stabilizing, but cases abroad, at least at present, have continued to grow at a slightly accelerating rate.

nCov-19 total reported cases 3/1/20

1 tykkäys

Ja ainakin mitä itse siellä pyörinyt, niin aika usein vainajat poltetaan.

1 tykkäys

Toisaalta alussa ei tiedetty kuinka vaarallisesta taudista on kyse niin saatettiin pelata “varman päälle”.

1 tykkäys

Alla esimerkki siitä, miten eräs COVID-19 tutkimuksen kohta on muuttunut mielenkiintoisella tavalla ilmeisesti vertaisarvioinnin jälkeen.

Tutkimus on alkujaan julkaistu medRxiv:n sivustolla, jolla sivustosta kerrotaan mm. seuraavaa:

“medRxiv (pronounced “med-archive”) is a free online archive and distribution server for complete but unpublished manuscripts (preprints) in the medical, clinical, and related health sciences. Preprints are preliminary reports of work that have not been peer-reviewed. They should not be relied on to guide clinical practice or health-related behavior and should not be reported in news media as established information.

Tuolla medRxiv-sivustolla on siis julkaistu vertaisarvioimaton COVID-19 tutkimus, joka löytyy sivustolta kokonaisuudessaan pfd-formaatissa.

Tällä sivustolla tuohon tutkimukseen on pääsivulla lisätty myös linkkinä toimiva huomautus: Now published in New England Journal of Medicine doi: 10.1056/NEJMoa2002032

MedRxiv:n sivustolla vertaisarvioimattoman tutkimuksen pdf-versiossa on maininta viruksen itämisajasta:

Methods : We extracted the data on 1,099 patients with laboratory-confirmed 2019-nCoV ARD from 552 hospitals in 31 provinces/provincial municipalities through January 29th, 2020.

Results : The median age was 47.0 years, and 41.90% were females. Only 1.18% of patients had a direct contact with wildlife, whereas 31.30% had been to Wuhan and 71.80% had contacted with people from Wuhan. Fever (87.9%) and cough (67.7%) were the most common symptoms. Diarrhea is uncommon. The median incubation period was 3.0 days (range, 0 to 24.0 days). (Huom. lihavointi tässä)

Kun seuraa tuota tutkimuksen linkkiä tuonne New England Journal of Medicinen sivustolle, on etenkin tuo itämisaikaa koskeva lausuma muuttunut varsin merkityksellisesti suhteessa alkuperäiseen tutkimukseen:

## METHODS

We extracted data regarding 1099 patients with laboratory-confirmed Covid-19 from 552 hospitals in 30 provinces, autonomous regions, and municipalities in China through January 29, 2020. The primary composite end point was admission to an intensive care unit (ICU), the use of mechanical ventilation, or death.

## RESULTS

The median age of the patients was 47 years; 41.9% of the patients were female. The primary composite end point occurred in 67 patients (6.1%), including 5.0% who were admitted to the ICU, 2.3% who underwent invasive mechanical ventilation, and 1.4% who died. Only 1.9% of the patients had a history of direct contact with wildlife. Among nonresidents of Wuhan, 72.3% had contact with residents of Wuhan, including 31.3% who had visited the city. The most common symptoms were fever (43.8% on admission and 88.7% during hospitalization) and cough (67.8%). Diarrhea was uncommon (3.8%). The median incubation period was 4 days (interquartile range, 2 to 7). (Huom. lihavointi tässä)

Syy sille, miksi todelliset tutkimuksessa havaitut viruksen itämisajan ääripäät on poistettu tuosta ilmeisestikin vertaisarvioidusta versiosta ja vaihdettu kirjaukseen, jossa ilmoitetaan käsittääkseni vain se vaihteluväli, johon 50 % kaikista tapauksista mahtuu, olisi mielenkiintoista tietää. Voidaan ainakin esittää, että kun kyseessä on sairaus, jonka leviämistä maailmalla pyritään ainakin vielä toistaiseksi karanteenein rajaamaan, voisi tiedolla tutkimuksissa havaituista viruksen pisimmistä itämisajoista olla päätöksentekoon vaikuttavaa merkitystä.

3 tykkäystä

Miten corona ja influenssa vertautuvat toisiinsa?

Yksi mittari tähän pohdintaan on kuolleisuus. Tarkalleen ottaen kummankaan kuolleisuutta ei tiedetä. Ei edes influenssan, vaikka se on vanha tauti. Kuolleisuutta varten pitäisi tietää, miten monella on ollut flunssa, ja miten moni on kuollut siihen. Ja kumpaakaan ei käytännössä tiedetä.

Siksi esim. linkitetty Lancetin artikkeli oli analysoinut asiaa tilastollisesti siten, että miten paljon ihmisiä ylipäänsä kuolee enemmän influenssa-kaudella.

Tästä oli saatu tulokset kuolleisuudelle: alle 65v: 0·1 to 6·4 per 100 000, 65-74: 2·9 to 44·0 per 100 000 ja 17·9 to 223·5 per 100 000 yli 75 vuotiaille.

Nämä ovat hyvin alhaisia lukuja. Esim. 223.5/100.000 (äärilaita maximi) on 0,2%.

Jos ymmärsin oikein, niin kyse ei ole kuitenkaan kuolleisuudesta, koska emme tiedä, miten moni sairastui ylipäänsä influenssaan. Väestössä on kuitenkin paljon vastustuskykyä influenssalle valmiina ja lisäksi rokotteet suojaavat ja estävät leviämistä.

Mutta tämä on se oleellinen ero tämän Coronan ja influenssan välillä. Ihmisillä ei ole sille vastustuskykyä eikä sille ole rokotetta. Se pääsee leviämään nopeasti ja tartuttamaan valtaosan ihmisistä.

Coronan kuolleisuudesta ei ole siis senkään vertaa tietoa, kuin influenssasta. Jälleen on kyse osoittajasta ja nimittäjästä, eikä kumpaakaan varmasti tiedetä.

Oleellista on kuitenkin se, että vaikka kuolleisuusprosentti olisi yhtä alhainen kuin influenssalla, aiheuttaisi se väestötasolla suuremman absoluuttisen kuolleisuuden (suhteellinen kuolleisuus x tartunnan saaneiden ihmisten määrä), koska se siis leviäisi nopeasti ja laajasti.

Ja tästä tulee vielä se kolmas haaste, josta on jo puhuttu. Jos epidemia iskee laajasti väestöön keralla, loppuu tehohoidon kapa nopeasti.

Jo näiden perusteella pitäisi olla selvää, miksi on harhaanjohtavaa puhua tästä vaikutuksiltaan samanlaisena kuin influenssasta.

Tähän päälle se, että kuolleisuus (miten sen määritteleekin tai mittaakin) vaikuttaisi olevan mahdollisesti korkeampi kuin influenssalla, niin siihen on syynsä, että asiaan on reagoitu niinkin vahvasti kuin siihen on reagoitu.

Disclaimer. En ole lääkäri tai alan asiantuntija.

2 tykkäystä

https://www.worldometers.info/coronavirus/

Datat tuolta, näyttävät että Etelä-Koreassa on tapauksia tunnistettu 5186 ja kuolleita 28 = tosiaan 0,5%.

Mutta mikä on selviytymisprosentti?

Selvinneitä on 34. Selvitymisprosentti on tähän mennessä siis myöskin 0,5%.

Kun aikaa kuluu, niin saadaan molempiin tarkennuksia.

Joka tapauksessa, tuokin viittaisi korkeampaan prosenttiin kuin influenssalla. Mutta, jälleen, nimittäjän laajuudesta ei ole Etelä-Koreassakaan täyttä varmuutta. Prosentti voi siis olla tuota alhaisempi todellisuudessa.

2 tykkäystä

@Ihminen Prosentteja tutkiessa verrannollisuus tuntuu olevan Herran hallussa. Ohessa (aiemmin @akka -nimerkin linkittämä) tilastokeskuksen mielenkiintoinen artikkeli. Lancetin laskentatapa-arvio on erilainen kuin tilastokeskuksen ja koronan arviot taas erilaisia perustuen faktisiin testauksiin. Vappuna nähdään onko erään @Masse -setän arvio se paras arvio…

"Influenssa voi olla kuolin­todistuksilla myös myötä­vaikuttavana kuoleman­syynä. Viime vuosiin asti influenssa on kuitenkin harvoin mainittu kuolemaan vaikuttavana myötäsyynä. "

2 tykkäystä

Jos Iranin kansa sairastaisi Coronaa samassa suhteessa kuin parlamentti,
siellä olisi nyt 6-7 miljoonaa sairastunutta.

3 tykkäystä

Hyvä, että sen kaikki muistatte. Kuten setä jo kauan sitten ketjussa esitti, kaikki virusepidemiat kuolevat muutaman kk sisään niiden synnystä. Piste. Eli Vappuna kukaan ei muista edes koko koronaa, paitsi eräs vanha setä, joka silloin muistuttaa teitä näillä palstoilla synnynnäisestä kaikkitietävyyden lahjastaan :slight_smile:

Masse-setä, FA, Korona-vierailu täyssuojauksessa Raid-pullot käsissä onnistui hyvin paitsi, että naapuruston pikkupojat alkoivat heitellä setää lumi-kurapalloilla koulusta tullessaan ja koekävely tontin ulkopuolella oli keskeytettävä :imp: :imp: :imp:

3 tykkäystä

Tovin aikaa olen uskonut @Masse -setän ennustusta (mihin terveydenalan ammattilaiset liittynevät - elleivät ole jo liittyneet). Enemmän olen huolissani milloin @Aston_Livingstone palaa foorumin kaipaamaan normaaliin kenttätyöhön QT:n ja muiden osakkeiden osalta.

2 tykkäystä

Kahtellaan nyt tämä korona pois alta :slight_smile: Voidaan kevennettyä kenttätyötä harrastella ohessa… Onnittelut kaikille mukana oleville, toivon teille suorastaan parabolista, ehkä jopa käyrällä lähes taaksepäin kääntyvää nousua lähiviikkoina :slight_smile:

Olen vielä skeptinen “corona fundamentals vs. indeksien riemuisa nousukiito”. Pinnan alla saattaa muhia ikävä yllätys.

9 tykkäystä