Wuhan Coronavirus (Osa 1)

Etelä-Koreassa on oltu huomattavasti vikkelämpiä kuin muissa maissa ja kaikki vähänkään epäillyt caset on testattu (sisältäen siis oireettomia tapauksia). Kiinassa piti alkuvaiheessa ainakin saada komitealta erillinen lupa että saadaan testata (vähän samalla tavalla kuin USA:ssa). Eli Kiinan luvut siis lähinnä kertovat niistä potilaista jotka on käynyt sairaalassa asti, kun taas Etelä-Korea on napannut lähes kaikki tapaukset.

2 tykkäystä

Tuossa nimimerkki @Ihminen linkkaamassa jutussa mm. WHO:n Bruce Aylward kehuu Kiinan toimia ja se on systemaattisella tapausten etsimisellä ja hyvällä hoidolla saanut painettua kuolleisuusasteen Hubein ulkopuolella alle yhden prosentin. Lisäksi Aylward toteaa tässä toisessa jutussa, että itse asiassa tauti leviää lähikontaktissa suljetuissa yhteisöissä (esim. perheet) mutta influenssan tapaista suurta oireettomien tapausten joukkoa ei massatestaamisesta huolimatta löydetty. Esimerkkinä hän tarjoaa Guangdongin provinssin, jossa on testattu 320 000 ihmistä, joista 0,47% todettiin tauti. Tässä tuo juttu, vahva lukusuositus kaikille joita asia kiinnostaa: Coronavirus in China: The most important lessons from China’s Covid-19 response - Vox

Toki epidemian keskuksessa eli Hubein maakunnassa on varmasti monia sellaisia, joilla tauti on ollut ja joita ei ole testattu mutta ei pidä mielestäni tuudittautua siihen että kuolleisuus pysyy ilman aktiivisia toimia alle yhden prosentin vaan se vaatii sekä ennaltaehkäisevää työtä tautitapausten lähikontaktien etsimisen ja eristämisen kanssa että hyvää hoitoa sairastuneille. Nyt kun epidemia jyllää, niin eri maiden kuolleisuusasteesta ei kannata sen suurempia johtopäätöksiä vielä vetää, koska emme tiedä tarkasti millaisiin yhteisöihin tauti on päässyt leviämään (esim. vanhainkodit jne). Sen sijaan kun joskus epidemian ollessa ohi tehdään tutkimista kuolleisuudesta väestöryhmittäin eri maissa on sillä vahva korrelaatio maan terveydenhuollon tasoon.

Tuli pitkä viesti mutta jatkan vielä hieman. Nimittäin kun näitä uutisia tulee uusista tartunnoista, niin ihmetyttää suuresti ettei Turkki ole ilmoittanut vielä yhtään tapausta. On aika luultavaa, että Istanbulin lentokentällä on ollut lukuisia koronapotilaita eikä Iran (joka lienee jo nyt pahin tautipesäke) ole maitsekaan kovin kaukana. Ettei vaan siellä pimitettäisi tietoa ja kohta tilanne on sama kuin Iranissa?

6 tykkäystä

Etelä-Korea on hoitanut hommansa erittäin hyvin, testaavat noin 10000 ihmistä päivittäin. Enemmän olen huolissani eurooppalaisten löysäilystä ja varsinkin amerikkkalaisten. Amerikkalaisilla on mentaliteetti, että kun laitetaan silmät kiinni niin ongelmaa ei ole olemassa.

Logiikka/verrantoasia. Ei koko Kiina. Kiina sai käytännössä rajattua epidemian Wuhaniin. Kaupungin asukasluku 11M ja provinssin 58M

kuva

3 tykkäystä

pahanilmanlintu palasi foorumille… tästä uutisesta kannattaa seurata tarkkaan mitä esim WHO mahdollisesti kommunikoi lähipäivinä

lisäys: somea koskevassa kappaleessa toistuu täsmälleen sama kiina-ilmiö kuin mitä kuukausi takaperin nähtiin… ei muutakun enemmän puuvillaöljyä sinne anukseen

lisäys2:

4 tykkäystä

Veikkaan, että Turkki ei halua kertoa tautitilannetta keskellä Syyrian sotaa. Taitaa sotiminen mennä sen verran heikosti, ettei muita heikkoudesta kertovia signaaleja haluta kertoa ulospäin.

1 tykkäys

Ensimmäinen kuolema USA:ssa WA:n ulkopuolella (Kalifornia).

Ei paljon jenkkimarkkinoita hetkauta. Dow jones vetelee +3,4 pinnaa. Onkohan siellä Trumpetti laittanu median ja tiedemaailman tiedotteet säppiin…

5 tykkäystä

Alla muutama mielenkiintoinen kohta tuosta uudesta tutkimuksesta, johon nuo uutiset mahdollisesta kahdesta eri coronaviruksen “haarasta” pohjautuvat. Lainaukset kursivoitu ja lihavoinnit tässä allekirjoittaneen lisäämiä:

Thus far, we found that, although the L type is derived from the S type, L (~70%) is more prevalent than S (~30%) among the sequenced SARS-CoV-2 genomes we examined. This pattern suggests that L has a higher transmission rate than the S type. Furthermore, our mutational load analysis indicated that the L type had accumulated a significantly higher number of derived mutations than S type (P < 0.0001, Wilcoxon rank-sum test; Fig. S5). We propose that, although the L type newly evolved from the ancient S type, it transmits faster or replicates faster in human populations, causing it to accumulate more mutations than the S type. Thus, our results suggest the L might be more aggressive than the S type due to the potentially higher transmission and/or replication rates.

To test whether the two types of SARS-CoV-2 had differences in temporal and spatial distributions, we stratified the viruses based on the locations and dates they were isolated (Table S1). Among the 27 viruses isolated from Wuhan, 26 (96.3%) were L type, and only 1 (3.7%) was S type. However, among the other 73 viruses isolated outside Wuhan, 45 (61.6%) were L type, and 28 (38.4%) were S type. This comparison suggests that the L type is significantly more prevalent in Wuhan than in other places (P = 0.0004, Fisher’s exact test, Fig. 6 and Table S3).

Tulee nyt väkisinkin mieleen, että kun tätä mahdollisesti aggressiivisempaa ja helpommin tarttuvaa L-tyypin coronavirusta on esiintynyt erityisen laaja-alaisesti juuri Wuhanissa (96,3% viruskannasta), kun taas Wuhanin ulkopuolella vastaavan kannan esiintyvyys on ollut selvästi vähäisempää (61,6% viruskannasta), niin selittääkö tämä joltain osin juuri Wuhanin ja sen ulkopuolisten alueiden toisistaan poikkeavia kuolleisuuslukuja? Jos näin on ja maailmalla nyt pääasiassa leviäisi juuri tuo L-tyyppi, niin sitten varmaan tulisi kuolleisuustilastojen osalta tarkastella nimenomaan Wuhanin kuolleisuuslukuja.

If the L type is more aggressive than the S type, why did the relative frequency of the L type decrease compared to the S type in other places after the initial breakout in Wuhan? One possible explanation is that, since January 2020, the Chinese central and local governments have taken rapid and comprehensive prevention and control measures. These human intervention efforts might have caused severe selective pressure against the L type, which might be more aggressive and spread more quickly. The S type, on the other hand, might have experienced weaker selective pressure by human intervention, leading to an increase in its relative abundance among the SARS-CoV-2 viruses.

4 tykkäystä

Tässä suomeksi😬
Edit. Ei kahta ilman kolmatta…
Edit. 3,4% on kuolleisuus raportoiduista tällä hetkellä

Edit. Jutussahan todetaan, että aggressiivisemman kannan määrä on pienentynyt, mahdollisesti siksi että ihmisten toimet ovat kohdistuneet suhteessa enemmän sitä sairastaviin ihmisiin ja näin heikommalle virustyypille on jäänyt enemmän tilaa levitä?

Edit2. Eiköhän virustyyppiä suurempi selitys kuolleisuusprosenttien erolle ole viranomaisten toimet ja yleinen terveydenhuollon taso. Wuhanissa oli muistaakseni epidemian alkaessa joku reilu sata tehohoitopaikkaa eli osa kuolleisuudesta epidemian alkuvaiheessa selittyy sillä että hoitoa ei ollut kaikille sitä tarvitseville saatavana.

Juuri näin. Tuota aggressiivisuutta ei ole tutkimuksessa kovin paljon avattu, joten jää vähintäänkin jossain määrin tulkinnanvaraiseksi, missä määrin sillä viitataan pelkästään viruksen leviämiskykyyn ja missä määrin mahdollisesti muuhun viruksen aggressiivisuuteen.

We propose that, although the L type newly evolved from the ancient S type, it transmits faster or replicates faster in human populations, causing it to accumulate more mutations than the S type. Thus, our results suggest the L might be more aggressive than the S type due to the potentially higher transmission and/or replication rates.

Oma huomioni kiinnittyi tuohon, että nimenomaan lausuma L-tyypin suuremmasta mutaatioherkkyydestä on seurauksena kytketty lainauksesta ilmenevällä tavalla tuohon mahdollisesti korkeampaan replikoitumis- ja tarttumiskykyyn.

Se on varmaan juurikin niin, että Wuhanin kuolleisuutta ainakin osaksi selittää se, ettei hoito- tai tehohoitopaikkoja ollut kaikille tarvitsijoilla. Onkohan muualla maailmassa? Jos ei ole, niin seuraukset (luvut) lienevät vastaavia?

Edit: Viranomaisten toimista tuli vielä mieleen, että nouseekohan Suomessakin muutama (tai edes yksi) sairaala kymmenessä päivässä pelkästään Corona-potilaita varten jos tilanne niin vaatii?

1 tykkäys

Etelä-koreassa varmasti löydetty isompi osa ihmisistä ketkä on oikeasti sairastuneita kuin kiinassa. Ja eihän maan väkiluvulla ole vaikutusta leviämisnopeuteen, mutta asumis tiheydellä luultavasti jo enempi.

1 tykkäys

Ja lisäksi Kiina haluaa näyttää muulle maailmalle, että se pystyy tällaisen epidemian selättämään joten en yhtään ihmettelisi, jos hengityskoneita ja muita laitteita olisi “lainattu” muista sairauksista kärsiviltä, jotta koronavirustilastot saadaan näyttämään hyvältä. Tuskin ketään nimittäin tässä ja nyt kiinnostaa kuinka monta ihmistä Kiinassa kuolee esim. tuberkuloosiin…

Länsimaissa ei tuollaista kapasiteettia tosiaan ole eikä sitä Kiinan malliin laiteta pystyyn 10 päivässä. Siksi täällä pyritään viivästyttämään epidemian tuloa ja tautiketjuja katkaisemmalla “porrastamaan” sairastumisia. Aika näyttää miten käy, ainakin Italia vaikuttaa epäonnistuneen epidemian kontrolloinnissa sillä luvuista selviää, että koronavirus ehti siellä levitä viikkojen ajan ennen kuin siihen reagoitiin ja nyt on sitten hoitopaikat kortilla ja riskiryhmiin kuuluvia kuolee suuret määrät. Noin sivumennen sanoen alkaisin kyllä ulkoministeriössä kirjoittelemaan uusia matkustustiedotteita myös muutamaa muuta maata koskien…

3 tykkäystä

Jep, uskon, että seuraavat epidemiakeskukset ovat ainakin USA ja Ranska.

1 tykkäys

Se virus mutatoituu koko ajan. Mutta jos on kaksi noin merkittävää eri päämuotoa, niin se voisi ehkä selittää, miksi Kiinassa oli tapauksia, joissa taudin jo sairastanut henkilö sairastui uudestaan.

1 tykkäys

Ketjussa ollut puhetta virustautien vuodenaikakierrosta (talvella tulevat, kesällä häipyvät). Ja lämpötilateoria sai kritiikkiä.

Yksi oleellinen tekijä voi olla D-vitamiini, joka on monella tapaa merkittävä elimistön toiminnalle. Kuten tunnettua, D-vitamiini muodostuu paljaalla iholla auringon valon avulla ja kylmään vuodenaikaan tai pilvisellä tai savusumuisella säällä ei tämä yhtälö toimi.

1 tykkäys
1 tykkäys

Tässä visuaalisesti Flunssan ja Co19 kuolleisuusero. Oletettavasti/toivottavasti data on ok?

7 tykkäystä