Wuhan Coronavirus (Osa 1)

Onkohan tässä nyt samaa ongelmaa kuin PCR-testien luotettavuuden tulkitsemisessa? PCR-testihän on lähes 100% tarkka, jos näytteessä on virusta. Kokonaisuudessaan tarkkuus on kuitenkin vain 80 %:n luokkaa, kun otetaan huomioon näytteenoton “epätarkkuus”.

Eli tuo pikatesti tunnistaa koronan suurella tarkkuudella, jos näytteessä on virusta/(“pintaproteiinia”)?

Varmasti on olemassa, yrityskentälle mahtuu todella monenlaista toimijaa ja kaikkien toimet eivät kestä päivänvaloa. Etätöihin ohjaaminen tälläisen reissun jälkeen lienee yleistä, töissä käyntiähän ei kuitenkaan ohjeistuksessa kielletä vaikka tulisi mistä.

Nuo testien speksit todellakin viittaavat siihen, antaako itse analyyttinen menetelmä oikean tuloksen. Todentamisessa on tiedetty, onko ko. näytteissä ollut virus vai ei. Ruotsissa käytetty kiinalainen testi on nyt antanut runsaasti vääriä positiivisia tuloksia ja on esimerkki teknisesti huonosta testistä.

Nämä nopeammat ei-PCR -testit ovat analyyttisesti jonkin verran epäherkempiä eli viruksia pitää olla näytteessä enemmän näkyäkseen. Kun ne veijarit lisääntyvät eksponentiaalisesti, niin niitä on todennäköisesti paljon ja testi toimii odotetusti.

Se ei kuitenkaan muutu mihinkään, että kriittisin asia on näytteen edustavuus; onko siihen nasal swabbiin/sylkäisyyn päätynyt viruksia. Eri näytteenottajat onnistuvat näytteenotossa eri tavalla ja ihmisillä virusta löytyy toisena päivänä ja toisena ei. Verinäytteissä tätä hlökohtaista kädenjälkeä ei näy, mutta virusvasta-aineiden ilmestyminen vereen on tunnetusti mutkikas juttu eikä tapahdu kaikissa meissä samalla tavalla jos ollenkaan.

Hyvä jos itse testit eivät juuri anna vääriä tuloksia, mutta negatiivinen näyte ei edelleenkän ole varmasti negatiivinen.

4 tykkäystä

Jos ihmisessä on viirusta, mutta sitä ei saada luotettavasti tikulla revittyä ulos ihmisestä testiä varten niin vaikeahan siinä on testin ominaisuuksilla ongelmaa taklata. Tyhjästä on paha nyhjästä.

1 tykkäys

Vääräleuat ja populistit taas vauhdissa. Tuo 40% on käsittääkseni ihan järkevä arvio riskiryhmäläisten esiintyvyydestä Euroopassa, kun taas globaalisti riskiryhmään kuuluu noin 20%. Selvästi korkeampi ikärakenne (ja muidenkin riskitekijöiden laajempi esiintyvyys) asettaa eurooppalaiset isompaan vaaraan, ja tätä on järkevää kompensoida suuremmalla rokotusasteella.

2 tykkäystä

Eipä tuossa “Europe First”-ajattelussa sinänsä mitään ihmeellistä ole. Ihminen on laumaeläin, jonka preferenssijärjestys tuppaa aina olemaan oma perhe, muut läheiset ihmiset, oma sidosryhmä esim. kansallisuus, eurooppalaisuus jne. Kun saatavat ja mahdolliset resurssit on rajalliset huolehditaan ensisijaisesti omista eduista ja sen jälkeen huomioidaan muuta kokonaisuutta.

6 tykkäystä

Merkittävä kommentti, koska ei ole itsestäänselvyys, ettei Europe First -ajattelussa ole mitään ihmeellistä.

Ihminen preferoi viiteryhmiään, mutta oma viiteryhmä ei ole itsestäänselvyys. Ei tarvitse mennä historiaan kuin muutama sata vuosi, niin kansalaisuus ei kiinnostanut ketään. 1700-1800 luvun suomalaisihminen vannoi uskollisuutta sille, kenen miekka kulloinkin oli lähimpänä kurkkua.

Ei tarvitse mennä kuin muutama vuosikymmen taaksepäin, niin eurooppalaisuus ei kiinnostanut ketään. Itse asiassa epäyhtenäinen Eurooppa oli pitkälti toistensa kurkuilla. On tapahtunut merkittävää yhdistymistä, että Europe First -ajattelua ylipäätään on.

14 tykkäystä

3 tykkäystä

Ihan “terve” linjaus, ettei kurkkukivussa tai juoksevassa nenässä ole asiaa työpaikalle, jos ja kun vain työt pystyy suorittamaan etänä. Sama ohjeistus meillä ja toivottavasti myös jokaisella muulla työpaikalla. Eniten risovat työkaverit, jotka tulevat flunssaisina töihin - oli kyseessä sitten korona taikka perusmuotoinen flunssapöpö.

8 tykkäystä

Todellakin näin, jos jotain tästä korona-ajasta toivon jäävän pysyväksi, on juuri tämä että töihin ei enää tulla flunssassa tartuttamaan muita. Jos pystyy kipeänä tekemään töitä niin tekee sitten etänä. Piste.

3 tykkäystä

https://www.thl.fi/roko/cov-vaestoserologia/sero_report_weekly.html

Serologiatutkimuksen mikroneutralisaatiotestin tulosten perusteella HUS-alueella esiintyi keväällä ensimmäisen epidemia-aallon aikana noin 3-10 -kertaisesti tartuntoja verrattuna Tartuntatautirekisterin varmistettuihin tautitapauksiin (positiivinen hengitystienäyte).

Eipä yllättänyt… voisi osaltaan myös selittää sitä, miksi nyt testaamisen kehityttyä ja testausmäärien kasvettua kuolleisuus tuntuu olevan hämmästyttävän pientä…? Eli ensimmäinen aalto oli paljon suurempi kuin viralliset tilastot antavat ymmärtää ja nyt toiseen aaltoon saadaan paljon parempi kattavuus kuin ekassa? Tai mistäpä minä näistä tiedän :man_shrugging:

3 tykkäystä

France is ready to institute a new national lockdown as a last resort as Europe grapples with how to contain the resurgent coronavirus.

Plans to restrict movement are ready, but the country will do everything possible to avoid measures that clobbered the economy in the second quarter, France’s Prime Minister Jean Castex said on Thursday.

“The epidemic is gaining ground, and we need to intervene now,” Castex said, rejecting the need for broad restrictions. “This doesn’t mean the situation is as serious as it was” earlier this year.

https://www.bloomberg.com/news/articles/2020-08-26/italy-reports-1-367-new-virus-cases-highest-in-3-1-2-months?srnd=premium-europe

Asia on juuri näin. Vaikka empä minäkään näistä mitään tiedä :joy:

Testeillä esiin saatu tapausten määrä ei luonnollisestikaan ole sama asia kuin tapausten määrä. Ongelma vain asiassa on, että emme tiedä kuin ensimmäistä. Todellista määrää voi vain haarukoida matemaattisen analyysin kautta.

Mutta yksinkertainen tapa on esim katsoa tähän astisia lukuja.

Todennettuja tartuntoja 8.019
Kuolleita 335.
Tämä antaa kuolleisuudeksi 4,2%.
Todellinen kuolleisuus on tietysti paljon alhaisempi.
Jos otetaan vaikka 1%.
Saadaan että todellisia tartuntoja on ollut 33.500
Jos 0,5%, saadaan 67.000.

Nuo molemmat menevät myös tuohon 3-10x väliin.

IHME mallinnus Suomen keväälle löytyy täältä: COVID-19

Arvio, että n. 800 tartuntaa oli per päivä huhtikuun alkupuolella kun oltiin aallon harjalla.

5 tykkäystä

Aamun luvut (tartunnat/kuolleet): 24,63M / 835627

Uusien tartuntojen(+273300) määrä pysyi eilisellä tasolla. Kuolemantapausten(+6050) määrä kääntyi viikonloppua enteillen jo pieneen laskuun. Aasiassa(+103007) Intia laittoi eilistä tartuntaennätystään vielä hitusen paremmaksi. Etelä-Amerikassa(+75987) Argentiinan(+10104) tautitilanteen huonontuminen jatkuu ja maa nousee viikonloppuna jo tartuntalistan top-10 sijoituksille. Euroopassa(+28628) hämmästyttää Ranskan(+6111) tartuntojen erittäin nopea nousu. Myös Italiassa(+1411) tartuntamäärät ovat nousussa.

Valkoinen talo tiedotti torstaina 750M$ suuruisesta Covid-19 -testien ostosta Abbott Technologies -yhtiöltä. Ilmoitus tuli vain hetken sen jälkeen, kun maan tartuntatautikeskus(CDC) julkaisi uuden, virustestausta heikentävän, suosituksen Valkoisen talon painostuksen alaisena. Abbottin kehittämä BinaxNow Covid-19 Ag Card on luottokortin kokoinen 5 dollarin ja 15 minuutin antigeenitesti, mitä on yhtiön mukaan tarkoitus käyttää ensimmäisten 7 päivän sisällä oireiden alkamisesta. Testi on nopeuden lisäksi myös helppo käyttää. Se muistuttaa toiminnaltaan raskaustestiä.

Myös rokotetutkimus etenee nopeasti. USA:ssa puhutaan rokotteiden toisesta aallosta. Ensimmäisenä hyväksyttävien rokotteiden toimintamekanismi on kaikilla sama. Niiden sisältämä proteiini peittää Koronaviruksen pinnan, jota kutsutaan “piikiksi”, mikä johtaa ihmisen kehon tuottamaan vasta-aineita virukselle. Toisen aallon rokotteiden mekanismi on muuten sama, mutta rokotteessa käytetään ainoastaan “piikin” kärkeä. Hiirille suoritetuissa testeissä tämä tapa johti paljon voimakkaampaan immuunijärjestelmän reaktioon tuottaen huomattavasti enemmän vasta-aineita. Ensimmäisten toisen sukupolven rokotteiden odotetaan pääsevän kliinisiin testeihin vuoden lopussa. Uusia rokotteita ovat kehittäneet mm. start-up yhtiö Icosavax ja USA:n armeijan tutkijoiden Walter Reed Army Institute. Ihmisillä testattavia rokotteita on nyt 45, joista kahdeksan on testien viimeisessä, kolmannessa vaiheessa.

Pandemia on iskenyt USA:n kaupunkien ja osavaltioiden talouteen tavalla, minkä pitkäaikaisia seurauksia on vielä vaikea hahmottaa. Välittömiäkin seurauksia löytyy. New York City:ssä puheenaiheena on ollut kaupungin julkisen liikenteen (M.T.A.) ilmoitus kutistaa liikennettä jopa 40 prosentilla, mikäli liittovaltiolta ei saada 12 miljardin dollarin tukea. MTA on on tehnyt viime kuukaudet häkeltävän suuria tappioita matkustajamäärien romahdettua. Rahapula on vaikuttanut myös kaupungin lukuisten puistojen hoitoon juuri nyt, kun ihmiset tarvitsevat niitä eniten. Kaupungin puistoista löytyy jo nyt hoitamattomia nurmikoita, tyhjentämättömiä roska-astioita ja sotkuisia leikkipaikkoja.

image

Ranskan(+6111) tautitilanne on numeroiden valossa jo yhtä huono, kuin maaliskuun lopulla, jolloin epidemia oli huipussaan. Positiivisten testien osuus on edelleen nousussa ollen jo 3,8% viimeisen viikon aikana. Lockdownin loppuessa toukokuussa positiivisten testien osuus oli 1% kaikista testeistä. Pääministeri Jean Castex kuitenkin huomautti “Näihin lukuihin on syytä suhtautua varovaisesti, sillä toukokuuhun verrattuna teemme paljon, paljon, enemmän testejä”. Ranskassa on 4535 ihmistä sairaalahoidossa sisältäen 381 tehohoitopotilasta.

Koronaviruksen testausta pitäisi laajentaa oireellisten tartuntojen löytämisen lisäksi niihin, jotka ovat olleet lähikontaktissa tartunnan saaneen kanssa, sanoi WHO:n Covid-19 -pandemian tekninen johtaja, Maria Van Kerkhoven torstaina. “Testausta voidaan joutua laajentamaan ihmisiin, joilla on lievempiä oireita tai jopa niihin, joilla ei ole oireita lainkaan”, Van Kerkhoven sanoi.

Japanissa(+848) tartuntojen määrät ovat jälleen kääntyneet selvään laskuun. Laskusuuntaan on käännytty, vaikka maan hallitus ei ole tehnyt erityisiä lisätoimenpiteitä tartuntojen kitkemiseksi. Hallituksen “roolia” on tuotu esiin myös Japanin paikallismedioissa. Myös Singaporessa(+77) tartunnat ovat vähentyneet pysyvän tuntuisesti ja epidemia on hyvin kontrollissa. Aasian tilanteen rauhoittumisen kruunaa Etelä-Korea(+377), missä tartuntaryppäät on kyetty pitämään hyvin kurissa viimeaikaisista haasteista huolimatta. Etelä-Koreassa myös viruksen torjuntatoimet ovat olleet järeitä. Kiina on katsellut pandemian riehumista maailmalla sivusta, ja hiljaa, jo pitkään. Tänään maassa todettiin 9 tartuntaa.

Ruotsissa siivottiin eilen tilastoja viikolla uutisoidun kiinalaistestien aiheuttaman sotkun jälkeen. Tartuntojen määrä maassa pieneni 3174 tapauksella, kun tilastoista siivottiin väärät positiiviset testitulokset. Tilastomylläyksen jälkeen maan tiedotusvälineet eivät osanneet kertoa tartuntojen määrää eilisen aikana, mutta kuolemantapauksia todettiin kolme. Suomessa tilanne jatkaa tasaisena. Maassa todettiin 17 tartuntaa, joista 12 oli pääkaupunkiseudulla. Tilanteen pysyminen näin hyvin kontrollissa on hieman yllättävää, mutta samalla erittäin positiivista.

Visualisointeja, käppyröitä ja uutisia:
Johns Hopkins , Worldometers , Reuters1 , Reuters2 , COVID tracker , TheBaselab , WHO1 , WHO2 , NYC tracker , COVID daily USA , THL kartta , FHM kartta (Ruotsi) , Bloomberg , rt.live (USA state tracking) , EndCoronavirus , CoronaVirusIndex(yonzzu)

65 tykkäystä

Tuo on aivan totta, kuitenkin toisaalta covid-19-kuolleita voi olla hyvinkin paljon enemmän kuin tilastoitu, mikäli kuolinsyyksi on määritelty joku toinen syy tai sitä ei ole määritelty lainkaan.

2 tykkäystä

Turha spekuloida, sillä tilastokeskukselta saa suoraan tiedot kuolleista. (http://pxnet2.stat.fi/PXWeb/pxweb/fi/StatFin/StatFin__vrm__vamuu/statfin_vamuu_pxt_11ll.px/)

Tilastoaineisto pitää sisällään kaikki kuolleet, mutta ei ota kantaa tarkkaan syyhyn. Alustavan datan perusteella voidaan jo tehdä johtopäätös, että koronavirus ei ole vaikuttanut kuolleisuuteen. Vuoden 2020 tietoja ei vielä vahvistettu, mutta määrissä ei suurta eroa viime vuosiin verrattuna.

Vuosi Kuolleet (tammikuu - heinäkuu)
2017 31904
2018 32508
2019 31541
2020 32050
7 tykkäystä

Spekuloiva kysymys: olisiko mahdollista, että valveutuneet kansalaiset säätelevät omaehtoisesti käyttäytymistään tilanteen mukaan? Kun laskee, relataan - kun nousee, varotaan.

Jos näin on, niin kertoo osaltaan, miten kohtalaisen pienillä massamaisesti toteutetuilla yksilötason muutoksilla viruksen leviämiseen on mahdollista vaikuttaa.

2 tykkäystä

Maailmalla tuo kannattaa huomioida, ja jossain tapauksissa seurata nimenomaan kokonaiskuolleisuutta. Mutta Suomessa tuskin merkittävä ongelma.

Kyllä tilastot Suomen osalta varmasti pitävät paikkansa erittäin hyvin, todennäköisesti myös muissa länsimaissa. Vähemmän kehittyneissä maissa tilastojen todenperäisyys voi olla melkein mitä tahansa.

Edit: näköjään @ihminen kirjoitti hiukka nopeammin saman kuin minäkin.

Kuten Stone on varoitellut, niin tämä Covid-19 on kyllä pirullinen tauti. Tuhoaa myös sydänlihaskudosta, joka ei uusiudu.

Ei houkuta sairastaminen kyllä, ei ollenkaan.

Maat, joissa virus vetäisee väestön lävitse saattavat kärsiä väestön kohonneesta erilaisesta sairastelusta kymmeniä vuosia epidemian läpikäynnin jälkeen.

2 tykkäystä